A segunda temporada, com 23 episódios (bem mais longa que a primeira), expande o universo. Conhecemos outros "experimentos" como Kyle, incluindo a enigmática – um clone feminino (interpretada por Jaimie Alexander). A dinâmica entre Kyle e Jessi é um dos pontos altos. Enquanto Kyle aprendeu o amor e a empatia com os Tragers, Jessi foi criada em um ambiente frio e controlado pela maligna Empresa Zzyzx.
Relatórios sobre a série (Temporadas 1 e 2): Visão Geral da Série Gênero: Ficção Científica, Drama Adolescente.
A primeira temporada de "Kyle XY" apresenta Kyle Brody (interpretado por Matt Dallas), um jovem que foi encontrado em uma praia, sem memória de quem é ou de onde veio. Ele é adotado pela família Brody, composta por Paul (Greg Thomson), Laura (Maggie A. Riley) e Jamie (Mercedes McNab). Logo após sua adoção, Kyle começa a experimentar estranhas habilidades, como super-força, agilidade e a capacidade de voar.